Plusieurs années après Escape from Monkey Island, Guybrush Threepwood découvre qu'une nouvelle fois son ennemi, le pirate-zombie LeChuck a enlevé sa femme, le Gouverneur Elaine Marley. Après avoir cherché conseil auprès de sa vieille amie Lady Vaudou, Guybrush poursuit LeChuck avec le sabre maudit Kaflu pour essayer d'en finir une fois pour toutes avec lui. Malheureusement, Guybrush, à cause de sa maladresse, sera obligé de modifier la recette vaudou pour ensorceler le sabre. Quand il arrive en fait à poignarder LeChuck, le sabre va à la place transformer LeChuck en humain et infecter la main de Guybrush avec la "Maladie de LeChuck". En résultat, une explosion sur le bateau renvoie Guybrush dans l'océan qui se retrouve plus tard sur Flotsam Island. Guybrush doit maintenant inverser les dommages causés par l'expansion rapide de la maladie qu'il a libéré qui transforme les pirates en monstres zombies.

Le héro apprend par des gardes la reformation de la garde de l'aube, groupe de chasseurs de vampires, dans un bastion à l'est de Faillaise.
En s'y rendant, il fait connaissance avec Isran, le chef de la garde. Celui-ci cherche à renforcer ses défenses, sachant qu'en recrutant ouvertement il prend le risque de se faire attaquer.
Pour détourner l'attention des vampires, il missionne le héro à la grotte de Sombreval qui contiendrait un artefact de vampire ancien...

L'histoire prend place sur l'île de Solstheim où le héro se fait attaquer par des "adeptes" détenant un ordre d'exécution émanant d'un certain Miraak. Le héro arrive à Corberoc, colonie Dunmer anciennement prospère mais dorénavant en décrépitude suite à la fermeture de sa principale source de revenus : de riches mines d'ébonite.
Il constate rapidement que presque tous les habitants connaissent le nom de Miraak mais sont incapables de se rappeler de qui il s'agit. Il observe également que plusieurs habitants de la ville sont hypnotisés et travaillent à une construction inconnue...

L'action se déroule au XVIe siècle, dans les Caraïbes, sur l'île de Mêlée. Guybrush Threepwood est un jeune homme dont le plus grand rêve est de devenir un vrai pirate. Mais afin d'accomplir ce rêve, il va devoir subir plusieurs épreuves et démêler bien des énigmes.

Un remake : "The Secret of Monkey Island : Special Edition", aux graphismes renouvelés, a vu le jour en 2009.