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Europe, 1946. La Seconde Guerre mondiale paralyse l'Europe. Autrefois dépassées par la puissance des Alliés, les forces nazies ont retourné la situation de façon dramatique grâce aux avancées technologiques de la machine de guerre du général Wilhelm Strasse, également appelé Deathshead. Avec l'échec de l'assaut final sur le quartier général de Deathshead s'envole le dernier espoir des Alliés.
Europe, 1960. La guerre est terminée. Les Nazis ont remporté la victoire. Même les nations les plus puissantes ont courbé l'échine, accablées par leurs continuelles démonstrations de force et leurs manoeuvres d'intimidation. Le régime nazi dirige maintenant le monde entier d'une poigne de fer.
Le capitaine B.J. Blazkowicz, héros de guerre américain lance une contre-offensive désespérée contre le monstrueux régime nazi. Lui seul peut se dresser contre l'armée inébranlable de robots et de super soldats nazis. Lui seul peut arrêter Deathshead. Lui seul peut réécrire l'histoire.

L'histoire prend place sur l'île de Solstheim où le héro se fait attaquer par des "adeptes" détenant un ordre d'exécution émanant d'un certain Miraak. Le héro arrive à Corberoc, colonie Dunmer anciennement prospère mais dorénavant en décrépitude suite à la fermeture de sa principale source de revenus : de riches mines d'ébonite.
Il constate rapidement que presque tous les habitants connaissent le nom de Miraak mais sont incapables de se rappeler de qui il s'agit. Il observe également que plusieurs habitants de la ville sont hypnotisés et travaillent à une construction inconnue...

Dans le ville de Dunwall, frappée par une terrible épidémie de peste, le joueur incarne Corvo Attano, le protecteur personnel de l'impératrice Jessamine Kaldwin.
Celui-ci assiste impuissant à l'assassinat de cette dernière, puis à l'enlèvement de la dauphine, Emily Kaldwin, et se retrouve désigné bouc émissaire de cet assassinat, qui se révèle bien vite être un complot politique.
Aidé par un groupe de résistants au Régent, Corvo décide de se venger de ceux qui lui ont fait du tort, tout en rétablissant la vérité et la situation.

Le héro apprend par des gardes la reformation de la garde de l'aube, groupe de chasseurs de vampires, dans un bastion à l'est de Faillaise.
En s'y rendant, il fait connaissance avec Isran, le chef de la garde. Celui-ci cherche à renforcer ses défenses, sachant qu'en recrutant ouvertement il prend le risque de se faire attaquer.
Pour détourner l'attention des vampires, il missionne le héro à la grotte de Sombreval qui contiendrait un artefact de vampire ancien...

Les événements de Skyrim se déroulent 200 ans après ceux d'Oblivion, dans un contexte de guerre civile : après l'assassinat du haut-roi de Bordeciel, des conflits éclatent entre les nordiques indépendantistes et ceux qui soutiennent encore l'empire sur le déclin. C'est également le moment que choisit Alduin pour réapparaître : cet avatar nordique d'Akatosh dévore le monde lorsque son histoire touche à sa fin.
Le joueur, qui incarne à nouveau un prisonnier anonyme, découvrira au cours du jeu qu'il est en mesure de s'opposer à Alduin et aux dragons : il est le Dovahkiin, "fils de dragons".