Philip a trouvé un complexe souterrain sous la mine, construit pour explorer un tombeau, mais libérant ainsi une entité lâchant un virus qui transforme les êtres vivant en mutants agressifs. Philip se retrouve contaminé et développe une sorte de schizophrénie...
Deuxième épisode d'une trilogie composé de Penumbra : Overture et Penumbra : Requiem

Philip reçoit une lettre de son père, Howard, disparu depuis des années. Il lui demande de détruire un livre en sa possession. En l'examinant, il découvre l'emplacement d'une mine au Groenland. Par curiosité, un an plus tard, il décide d'aller voir ce lieu étrange et de retrouver son père. Une fois arrivé, il découvre que la mine est désertée, laissé sans vie à l'exception de chien agressifs et d'araignées géantes.
Premier épisode d'une trilogie composé de Penumbra : Black Plague et Penumbra : Requiem

Dernier épisode d'une trilogie composé de Penumbra : Overture et Penumbra : Black Plague

Le joueur incarne Chell, enfermée dans un laboratoire d'expérimentation sous la surveillance d'une intelligence artificielle du nom de GLaDOS. Cette dernière la pousse à effectuer des séries de tests sous la forme de salles ne s'ouvrant qu'après avoir résolu une série de puzzles et où Chell est enfermée.
Mais les intentions de GLaDOS restent obscure et les salles de plus en plus dangereuses ...

Plusieurs années après le premier Portal, le complexe d'Aperture Science est détruit. Chell, héroïne du premier épisode, est sortie de stase, aidée par Wheatley, un androïde sphérique et stupide chargé à la base de l'entretien du personnel en stase. Ce dernier va l'aider à s'échapper mais va entraîner le "réveil" de GLaDOS, ennemie du premier épisode.