Europe, 1946. La Seconde Guerre mondiale paralyse l'Europe. Autrefois dépassées par la puissance des Alliés, les forces nazies ont retourné la situation de façon dramatique grâce aux avancées technologiques de la machine de guerre du général Wilhelm Strasse, également appelé Deathshead. Avec l'échec de l'assaut final sur le quartier général de Deathshead s'envole le dernier espoir des Alliés.
Europe, 1960. La guerre est terminée. Les Nazis ont remporté la victoire. Même les nations les plus puissantes ont courbé l'échine, accablées par leurs continuelles démonstrations de force et leurs manoeuvres d'intimidation. Le régime nazi dirige maintenant le monde entier d'une poigne de fer.
Le capitaine B.J. Blazkowicz, héros de guerre américain lance une contre-offensive désespérée contre le monstrueux régime nazi. Lui seul peut se dresser contre l'armée inébranlable de robots et de super soldats nazis. Lui seul peut arrêter Deathshead. Lui seul peut réécrire l'histoire.