Le joueur incarne Chell, enfermée dans un laboratoire d'expérimentation sous la surveillance d'une intelligence artificielle du nom de GLaDOS. Cette dernière la pousse à effectuer des séries de tests sous la forme de salles ne s'ouvrant qu'après avoir résolu une série de puzzles et où Chell est enfermée.
Mais les intentions de GLaDOS restent obscure et les salles de plus en plus dangereuses ...

Razputin est un enfant doté de pouvoirs surnaturels qui s'échappe du cirque familial où il se sent rejeté par son père qui déteste les pouvoirs psychiques. Il s'invite alors dans une colonie de vacances qui a pour but de former des jeunes enfants à devenir des Psychonauts, c'est-à-dire des soldats de l'esprit. Peu à peu, il s'aperçoit que tout ne tourne pas rond dans la colonie, et qu'un complot est mis sur pied par l'un des professeurs pour diriger le monde : ce dernier vole les cerveaux des enfants pour se fabriquer un char psychique. C'est avec l'aide des agents Nein et Vodello, puis de l'agent Cruller, que Raz doit empêcher ce plan diabolique de toucher à sa fin et de sauver la colonie, ainsi que le monde.

L'histoire se déroule sur Mars environ 50 années après Red faction premier du nom.
Mason, le héros, affronte les troupes de l'EDF qui ont pris le relais d'Ultor en instaurant une dictature qui terrorise la population.

Néo-Paris, 2084. Nilin, ancienne "chasseuse de mémoire" d'élite, est arrêtée par la police. Les agents, effrayés par ses capacités et ayant peur de ne pas pouvoir la contrôler, lui effacent la mémoire. Elle réussit à s'échapper et, avec l'aide d'un ancien ami nommé Edge, part à la recherche de son identité.

Inferno, un dictateur fou, se met à répandre la mort et la destruction dans le monde entier. Mais pour la communauté internationale, il est encore question de négociations et de palabres interminables. C'en est trop pour le général Bryant qui décide de prendre les choses en main, à sa manière, en faisant appel à des mercenaires, des soldats de l'ombre qui lui sont restés fidèles au fil des campagnes : les fameux renegades.