Les événements de Skyrim se déroulent 200 ans après ceux d'Oblivion, dans un contexte de guerre civile : après l'assassinat du haut-roi de Bordeciel, des conflits éclatent entre les nordiques indépendantistes et ceux qui soutiennent encore l'empire sur le déclin. C'est également le moment que choisit Alduin pour réapparaître : cet avatar nordique d'Akatosh dévore le monde lorsque son histoire touche à sa fin.
Le joueur, qui incarne à nouveau un prisonnier anonyme, découvrira au cours du jeu qu'il est en mesure de s'opposer à Alduin et aux dragons : il est le Dovahkiin, "fils de dragons".

Le héro apprend par des gardes la reformation de la garde de l'aube, groupe de chasseurs de vampires, dans un bastion à l'est de Faillaise.
En s'y rendant, il fait connaissance avec Isran, le chef de la garde. Celui-ci cherche à renforcer ses défenses, sachant qu'en recrutant ouvertement il prend le risque de se faire attaquer.
Pour détourner l'attention des vampires, il missionne le héro à la grotte de Sombreval qui contiendrait un artefact de vampire ancien...

L'histoire prend place sur l'île de Solstheim où le héro se fait attaquer par des "adeptes" détenant un ordre d'exécution émanant d'un certain Miraak. Le héro arrive à Corberoc, colonie Dunmer anciennement prospère mais dorénavant en décrépitude suite à la fermeture de sa principale source de revenus : de riches mines d'ébonite.
Il constate rapidement que presque tous les habitants connaissent le nom de Miraak mais sont incapables de se rappeler de qui il s'agit. Il observe également que plusieurs habitants de la ville sont hypnotisés et travaillent à une construction inconnue...