Electronic Arts

New York 2023... Trois ans après les premiers événements survenus au large de la Corée, New York est la cible d'une épidémie mortelle qui frappe la population. Le virus, appelé "Manhattan virus", a été répandu sur la population par des Aliens, les Ceph, afin de masquer leur invasion.
Alcatraz, un Marines, est envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin pour rétablir l'ordre et aider les populations en détresse. A l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Alcatraz s'extirpe du submersible mais toute l'équipe de marines meurt suite à une nouvelle attaque alien.
Pendant son agonie, Alcatraz aperçoit "Prophet", un homme portant une nano-combinaison. Il sauve Alcatraz en se sacrifiant et lui remet sa combinaison contre la promesse de réussir "La Mission"...
Alcatraz doit désormais sauver l'humanité contre l'invasion alien qui a déjà commencé...

Plusieurs années après le premier Portal, le complexe d'Aperture Science est détruit. Chell, héroïne du premier épisode, est sortie de stase, aidée par Wheatley, un androïde sphérique et stupide chargé à la base de l'entretien du personnel en stase. Ce dernier va l'aider à s'échapper mais va entraîner le "réveil" de GLaDOS, ennemie du premier épisode.

2062. Malgré tous les efforts de décontamination menés par le GDI, le Tibérium a fini par recouvrir la quasi-totalité de la planète. Les Zones Rouges, complètement hostiles à toute forme de vie (tout du moins basée sur le carbone) ont atteint le chiffre de 99,97% de la surface du globe. L'humanité est au bord de l'extinction, les scénarios les plus optimistes ne lui donnent plus que 6 ans à vivre. C'est alors que Kane, supposé mort lors de la bataille du Temple Prime en 2049, refait son apparition avec une proposition : il sait comment enfin maîtriser le Tibérium grâce au savoir du Tacitus, mais a besoin des moyens techniques du GDI pour mettre en place ce Tiberium Control Network. Ils vont passer une alliance. Le GDI va progressivement mettre en place le TCN, malgré d'incessantes attaques de fanatiques du Nod ayant choisi de ne pas suivre Kane, appelés Sépararistes et menés par un certain Gideon. Le TCN s'avère être une formidable source de ressources et d'énergie. L'humanité connaît un âge d'or.
2097. Alors que le conflit avec les Séparatistes du Nod s'amplifie, des tensions secouent et divisent l'alliance GDI/Nod : pourquoi Kane a-t-il un comportement aussi étrange vis-à-vis des Séparatistes ? Pourquoi a-t-il contribué à sauver l'humanité avec le TCN ? Pourquoi semble-t-il ne jamais vieillir depuis son apparition en 1995 ? Le légendaire leader de la Confrérie du Nod ne tardera pas à nous apporter des réponses à toutes ces questions...

Alors que les Soviétiques se remettent à peine de leur cuisante défaite, l'Empire du Soleil levant cherche désespérément à regagner son identité et son honneur, pendant que les Alliés s'évertuent à enrayer la corruption et la traîtrise qui règnent dans leurs rangs.