En 2415, les survivants de l'espèce humaine ont trouvé refuge dans la cité de Bregna, dirigé depuis près de 400 ans par Trevor Goodchild. Un groupe clandestin de rebelles se bat pour descendre le gouvernement, Æon Flux est l'une des meilleurs agents des tueurs de ce groupe. Æon prend toute son énergie de sa rancœur envers les agents de Goodchild qui ont tué sa famille. Sa prochaine mission est de tuer Trevor Goodchild ; elle est choisie pour ses talents athlétiques et son maniement des armes à feu. Mais durant sa mission, elle découvre des secrets qui pourraient la remettre en question.