Suite aux évènements d'Alerte rouge 2, l'Union Soviétique est en déclin devant la supériorité militaire des Alliés. Dans une capitale en proie à la révolte populaire et face au départ précipité du Secrétaire Général, Le colonel russe Anatoliy Cherdenko révèle à son supérieur, le général Krukov, l'existence d'un plan pour faire un bond en arrière dans le temps. Son objectif: assassiner Albert Einstein, supprimant de fait l'incroyable percée technologique des Alliés et restaurant l'ancienne et puissante Union Soviétique dans la foulée. Seulement, la mission ne se déroule pas comme prévu. Une nouvelle dimension spatio-temporelle se créée et un nouvel ordre géopolitique s'établit, altérant le cours de l'évolution technologique et créant un nouvel empire technologiquement très avancé en Extrême Orient : L'empire du Soleil Levant. La Troisième Guerre mondiale débute alors que les troupes d'invasion nippones fondent sur le littoral russe.