Niko Bellic est un immigré originaire de la minorité des serbes de Bosnie âgé d'une trentaine d'années. C'est son cousin Roman ainsi que ses problèmes de dettes qui le persuadent de venir s'installer à Liberty City, celui-ci se vantant d'y avoir trouvé le "rêve américain".
Cependant, à son arrivée aux États-Unis, Niko se rend compte que son cousin lui a légèrement menti sur ses conditions de vie et que "le rêve américain" n'est en fait qu'un appartement médiocre, Roman étant simplement propriétaire d'une miteuse compagnie de taxi. Roman s'est créé beaucoup d'ennemis et a besoin de Niko afin de l'aider à résoudre ses multiples problèmes.

The Lost and Damned
The Ballad of Gay Tony

Barney Calhoun est un garde de Black Mesa, il est responsable des équipements et du matériel utilisé pour les recherches du secteur "Matériaux Anormaux". Lors de l'accident dans ce secteur (vu dans Half-life), Barney est bloqué dans un ascenseur, accompagné par 2 scientifiques, ces derniers mourants il comprend alors qu'il doit atteindre la surface pour sauver sa peau...

Pendant que le caporal Adrian Shephard et son équipe approchent de la zone d’atterrissage 117 au centre de Black Mesa, son hélicoptère est attaqué par des raies manta de Xen. Après le crash de son appareil, Shephard reprend conscience au milieu d'un rude combat entre les militaires et les aliens.