Adam Jensen, ancien agent du SWAT, s'est reconverti dans la sécurité privée suite à l'échec d'une mission qui a abouti à un massacre. Il travaille alors comme chef de la sécurité pour Sarif Industries, l'un des leaders en biotechnologies, et principalement, en augmentations mécaniques. Lors d'une attaque par des mercenaires sur le siège social, il est blessé quasi mortellement, et son amante, scientifique de génie du groupe, Megan Reed est tuée. Pour le sauver, Sarif va devoir lui implanter des augmentations, afin de remplacer ses bras, ses jambes, et une grosse partie de sa cage thoracique. Ils en profitent aussi pour lui rajouter des implants neuraux et optiques. Six mois plus tard, Jensen est de nouveau sur pied, alors qu'une prise d'otages dans une des usines du groupe le force à se remettre de suite en action. Commence alors une enquête à travers le monde pour découvrir les gens qui tirent les ficelles, et venger Megan.

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