New York 2023... Trois ans après les premiers événements survenus au large de la Corée, New York est la cible d'une épidémie mortelle qui frappe la population. Le virus, appelé "Manhattan virus", a été répandu sur la population par des Aliens, les Ceph, afin de masquer leur invasion.
Alcatraz, un Marines, est envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin pour rétablir l'ordre et aider les populations en détresse. A l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Alcatraz s'extirpe du submersible mais toute l'équipe de marines meurt suite à une nouvelle attaque alien.
Pendant son agonie, Alcatraz aperçoit "Prophet", un homme portant une nano-combinaison. Il sauve Alcatraz en se sacrifiant et lui remet sa combinaison contre la promesse de réussir "La Mission"...
Alcatraz doit désormais sauver l'humanité contre l'invasion alien qui a déjà commencé...

Suite de Crysis

Trahi par les forces du mal, Guerre, le premier Cavalier de l'Apocalypse, est accusé d'avoir violé la loi sacrée en provoquant une guerre entre les Cieux et l'Enfer. Dans le carnage qui a suivi, les forces démoniaques ont vaincu les Anges et se sont installées sur Terre. Traîné devant le Conseil Ardent, Guerre est condamné pour ses crimes et ses pouvoirs lui sont retirés. Déshonoré et seul face à sa mort, Guerre reçoit l'opportunité de retourner sur Terre pour rechercher la vérité et punir les responsables.

À l'aube du monde, on donna aux anges le paradis, un empire obscur aux démons, et tout un monde aux hommes. Le Conseil Ardent, entité chargée par le Créateur de préserver l'essence même de l'existence, décréta que l'Univers avait besoin d'ordre et d'harmonie.
Mais l'Équilibre a été rompu, le Cavalier rouge de la Guerre est accusé d'avoir déclenché l'Apocalypse trop tôt, menant à la destruction de la Terre avant son heure. Pour sauver l'honneur de son frère, le second Cavalier, la Mort se mit en route.