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Suite aux évènements d'Alerte rouge 2, l'Union Soviétique est en déclin devant la supériorité militaire des Alliés. Dans une capitale en proie à la révolte populaire et face au départ précipité du Secrétaire Général, Le colonel russe Anatoliy Cherdenko révèle à son supérieur, le général Krukov, l'existence d'un plan pour faire un bond en arrière dans le temps. Son objectif: assassiner Albert Einstein, supprimant de fait l'incroyable percée technologique des Alliés et restaurant l'ancienne et puissante Union Soviétique dans la foulée. Seulement, la mission ne se déroule pas comme prévu. Une nouvelle dimension spatio-temporelle se créée et un nouvel ordre géopolitique s'établit, altérant le cours de l'évolution technologique et créant un nouvel empire technologiquement très avancé en Extrême Orient : L'empire du Soleil Levant. La Troisième Guerre mondiale débute alors que les troupes d'invasion nippones fondent sur le littoral russe.

New York 2023... Trois ans après les premiers événements survenus au large de la Corée, New York est la cible d'une épidémie mortelle qui frappe la population. Le virus, appelé "Manhattan virus", a été répandu sur la population par des Aliens, les Ceph, afin de masquer leur invasion.
Alcatraz, un Marines, est envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin pour rétablir l'ordre et aider les populations en détresse. A l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Alcatraz s'extirpe du submersible mais toute l'équipe de marines meurt suite à une nouvelle attaque alien.
Pendant son agonie, Alcatraz aperçoit "Prophet", un homme portant une nano-combinaison. Il sauve Alcatraz en se sacrifiant et lui remet sa combinaison contre la promesse de réussir "La Mission"...
Alcatraz doit désormais sauver l'humanité contre l'invasion alien qui a déjà commencé...

Au commencement, il y avait l'Âge des Anciens, où les dragons ancestraux régnaient sans conteste. Puis vint le Feu, amenant la disparité. Certains, cachés dans les Ténèbres, y découvrirent un nouveau pouvoir et s'élevèrent contre les dragons. Gwen, le Seigneur de la Lumière, accompagné de Nito, le Premier des Morts, ainsi que la Sorcière d'Izalith et ses filles du Chaos, eux-mêmes aidés par la trahison de Seath l'écorché, décimèrent les dragons ancestraux et l'Âge du Feu commença.
Des siècles, puis des millénaires passèrent et, parmi les Dieux salvateurs, les humains s'élevèrent. Leur ancêtre, le Pygmée, lui aussi étant détenteur d'un pouvoir du Feu, les affubla de la Marque Sombre. Les humains se transformèrent petit à petit en Carcasse, état entre la mort et la folie.
C'est dans ce contexte que le joueur incarne un de ces humains. Marqué et emprisonné avec les autres de son état, il s'échappera du refuge et deviendra l'Élu. L'Élu d'une nouvelle ère, d'un nouvel Âge.

Trahi par les forces du mal, Guerre, le premier Cavalier de l'Apocalypse, est accusé d'avoir violé la loi sacrée en provoquant une guerre entre les Cieux et l'Enfer. Dans le carnage qui a suivi, les forces démoniaques ont vaincu les Anges et se sont installées sur Terre. Traîné devant le Conseil Ardent, Guerre est condamné pour ses crimes et ses pouvoirs lui sont retirés. Déshonoré et seul face à sa mort, Guerre reçoit l'opportunité de retourner sur Terre pour rechercher la vérité et punir les responsables.

À l'aube du monde, on donna aux anges le paradis, un empire obscur aux démons, et tout un monde aux hommes. Le Conseil Ardent, entité chargée par le Créateur de préserver l'essence même de l'existence, décréta que l'Univers avait besoin d'ordre et d'harmonie.
Mais l'Équilibre a été rompu, le Cavalier rouge de la Guerre est accusé d'avoir déclenché l'Apocalypse trop tôt, menant à la destruction de la Terre avant son heure. Pour sauver l'honneur de son frère, le second Cavalier, la Mort se mit en route.

Adam Jensen, ancien agent du SWAT, s'est reconverti dans la sécurité privée suite à l'échec d'une mission qui a abouti à un massacre. Il travaille alors comme chef de la sécurité pour Sarif Industries, l'un des leaders en biotechnologies, et principalement, en augmentations mécaniques. Lors d'une attaque par des mercenaires sur le siège social, il est blessé quasi mortellement, et son amante, scientifique de génie du groupe, Megan Reed est tuée. Pour le sauver, Sarif va devoir lui implanter des augmentations, afin de remplacer ses bras, ses jambes, et une grosse partie de sa cage thoracique. Ils en profitent aussi pour lui rajouter des implants neuraux et optiques. Six mois plus tard, Jensen est de nouveau sur pied, alors qu'une prise d'otages dans une des usines du groupe le force à se remettre de suite en action. Commence alors une enquête à travers le monde pour découvrir les gens qui tirent les ficelles, et venger Megan.

The missing link

Dans le ville de Dunwall, frappée par une terrible épidémie de peste, le joueur incarne Corvo Attano, le protecteur personnel de l'impératrice Jessamine Kaldwin.
Celui-ci assiste impuissant à l'assassinat de cette dernière, puis à l'enlèvement de la dauphine, Emily Kaldwin, et se retrouve désigné bouc émissaire de cet assassinat, qui se révèle bien vite être un complot politique.
Aidé par un groupe de résistants au Régent, Corvo décide de se venger de ceux qui lui ont fait du tort, tout en rétablissant la vérité et la situation.

Suite du jeu F.E.A.R. (2005)

Neuf mois après les événements des deux premiers jeux, Point Man est capturé par le personnel d'Armacham Security et interrogé dans un asile. Paxton Fettel interrompt l'interrogatoire et libère Point Man. Les deux forment une alliance précaire et s'échappent de l'asile à travers les bidonvilles.