C'est la guerre. La superpuissance Galbadia a déclaré la guerre à Dollet, un pays dont l'école militaire abrite deux fortes personnalités : Seifer le colérique, et Squall Leonhart, un grand solitaire. À l'image de Galbadia et Dollet, ils sont en constante opposition. Aux yeux de tous, Squall n'a pas l'esprit d'équipe, alors que Seifer ne possède la rigueur de son rival. L'univers de Squall est bouleversé lorsqu'il rencontre Liona Heartilly : lui qui n'a toujours juré que par la discipline, il se voit fasciné par l'insouciance naturelle de cette jeune fille. Il commence aussi à faire des rêves dans lesquels il incarne Laguna Loire, un soldat de l'armée galbadienne...

Le joueur dirige un micro-organisme, sorte de plancton, dans les profondeurs d'un milieu subaquatique. D'abord de forme simple, l'organisme grandit et se complexifie au fur et à mesure qu'il dévore d'autres créatures. Sans but prédéfini et livré à lui-même, le joueur est invité à explorer ce monde abstrait, à expérimenter et à comprendre ses ressorts pour survivre et faire évoluer sa créature ou plus simplement, à contempler cet univers visuel élégant à l'ambiance sonore méditative.