L'histoire est centrée sur Tim, un homme en quête pour sauver une princesse. Le principe de jeu mêle plates-formes et réflexion. Le joueur doit résoudre des casse-têtes basés sur la manipulation du temps.

Grayson Hunt (Gray) fit autrefois partie, avec ses coéquipiers Ishi Sato, Rell Julian et Whit Oliver ("Doc"), de la Dead Echo, une escouade d'élite à la solde d'un général de la Confédération nommée Sarrano. La Dead Echo effectuait des assassinats de supposés criminels, cependant, ils découvrirent, lors de l'assassinat d'un dénommé Bryce Novak, que celui–ci était en fait un simple reporter; il venait de finir un article sur la corruption de Sarrano et détenait des preuves incriminantes sur Dead Echo. En fait, Sarrano les utilisait à des fins personnelles pour éliminer des éléments gênants qui étaient, en fin de compte, des citoyens innocents.
Fou de rage, Gray se rebella contre Sarrano, entraînant avec lui l'équipe Dead Echo dans sa quête de vengeance et de rédemption.
Quelques années plus tard, devenus pirates de l'espace et attaquant des vaisseaux de la Confédération, Gray et compagnie entre en contact avec le vaisseau Ulysses, la fierté de la Confédération, ayant vraisemblablement à son bord le général Sarrano. Prenant une décision impulsive influencée par son état d'ébriété avancé, Gray décide d'attaquer l'Ulysses malgré l'inégalité flagrante des forces. Malgré tout, ils réussissent à fortement endommager l'Ulysses en se propulsant à toute vitesse droit sur lui. Par la suite, les deux vaisseaux s'écrasent sur la planète Stygia non loin de là, un ancien centre de villégiature.
L'affrontement a gravement blessé Ishi, Gray et Rell partent à la recherche d'une pile afin que le Doc puisse lui sauver la vie. Ils trouvent ladite pile et la ramènent au vaisseau, mais les habitants de la planète, d'une extrême agressivité, tuent Rell et le Doc durant le processus qui fait d'Ishi un cyborg.
Étant maintenant pratiquement seuls contre tous, Gray et Ishi tenteront le tout pour le tout afin de quitter la planète, même si cela nécessite de travailler avec leur pire ennemi, le général Sarrano.