La version PC est légèrement différente avec de nouvelles missions d'enquêtes.

Une fois encore, Batman vient de capturer le Joker alors que celui-ci s'apprêtait à tuer le maire de Gotham City, et le ramène à l'asile d'Arkham situé sur une île au large de Gotham. Suite à un incendie, un grand nombre de détenus de la prison de Blackgate ont été temporairement délocalisé à Arkham, parmi lesquels de nombreux hommes du Joker. Méfiant, Batman trouve que la capture du Joker a été un peu trop facile et, devant sa docilité, préfère accompagner les gardes jusqu'à sa cellule. Au cours de l'escorte, la sécurité de l'asile est neutralisée par Harley Quinn, permettant au Joker et à ses hommes de s'échapper et de prendre le contrôle total de l'île. Batman réalise rapidement que les derniers évènements, y compris l'incendie de Blackgate, font partie des plans du Joker et que des complices à l'intérieur même de l'asile l'ont aidé à s'échapper.
Le Joker menace de faire exploser des bombes dans Gotham si quiconque de l'extérieur vient en aide à Arkham, contraignant Batman à agir seul. Aidé à distance par Oracle, il doit donc rapidement venir en aide à Quincy Sharp, le directeur de l'asile, mais aussi au commissaire Gordon, prisonnier de l'île, ainsi qu'à tous les gardes et les médecins retenus dans les bâtiments.

La ville de Columbia, une ville qui flotte dans les airs par le biais d'une mécanique quantique, a été construite et lancée en 1900 par le gouvernement américain à grand renfort de publicités pour démontrer sa supériorité technologique et militaire au reste du monde. Cependant, peu de temps après son lancement, la ville se révèle être un navire de guerre bien armé, notamment impliquée dans un incident international, la Révolte des Boxers.
La ville se voit désavouée par le gouvernement des États-Unis, et sa localisation bientôt oubliée de tous, provoquant ainsi son isolement. Booker DeWitt, détective et chasseur de primes, est engagé pour retrouver une femme disparue il y a 15 ans, du nom d'Elizabeth, et qui serait une prisonnière de Columbia.

Dans un futur lointain, de nombreux vaisseaux de colonisation vont sur Pandora, une planète située sur le bord de la galaxie. Les colons sont à la recherche d'une vie meilleure ainsi que des vastes ressources minérales que l'on dit présentes sur la planète, appartenant à qui les prendra.
Peu de temps après la colonisation, les colons découvrent que la planète n'offre pas grand chose à part de vieilles ruines alien. Lorsque les compagnies qui exploitaient la planète partent, elles laissent sur place les criminels qu'elles employaient ainsi que quelques colons.
Certains d'entre eux cherchent à devenir riches en découvrant des technologies alien, les autres essaient simplement de survivre.
Débarquent alors des chasseurs de primes à la recherche d'une mystérieuse Arche censé contenir trésors et secrets alien, et la richesse à qui l'obtiendra.

Mad Moxxi's Underdome Riot

The Secret Armory of General Knoxx

Claptrap's new robot revolution

Grayson Hunt (Gray) fit autrefois partie, avec ses coéquipiers Ishi Sato, Rell Julian et Whit Oliver ("Doc"), de la Dead Echo, une escouade d'élite à la solde d'un général de la Confédération nommée Sarrano. La Dead Echo effectuait des assassinats de supposés criminels, cependant, ils découvrirent, lors de l'assassinat d'un dénommé Bryce Novak, que celui–ci était en fait un simple reporter; il venait de finir un article sur la corruption de Sarrano et détenait des preuves incriminantes sur Dead Echo. En fait, Sarrano les utilisait à des fins personnelles pour éliminer des éléments gênants qui étaient, en fin de compte, des citoyens innocents.
Fou de rage, Gray se rebella contre Sarrano, entraînant avec lui l'équipe Dead Echo dans sa quête de vengeance et de rédemption.
Quelques années plus tard, devenus pirates de l'espace et attaquant des vaisseaux de la Confédération, Gray et compagnie entre en contact avec le vaisseau Ulysses, la fierté de la Confédération, ayant vraisemblablement à son bord le général Sarrano. Prenant une décision impulsive influencée par son état d'ébriété avancé, Gray décide d'attaquer l'Ulysses malgré l'inégalité flagrante des forces. Malgré tout, ils réussissent à fortement endommager l'Ulysses en se propulsant à toute vitesse droit sur lui. Par la suite, les deux vaisseaux s'écrasent sur la planète Stygia non loin de là, un ancien centre de villégiature.
L'affrontement a gravement blessé Ishi, Gray et Rell partent à la recherche d'une pile afin que le Doc puisse lui sauver la vie. Ils trouvent ladite pile et la ramènent au vaisseau, mais les habitants de la planète, d'une extrême agressivité, tuent Rell et le Doc durant le processus qui fait d'Ishi un cyborg.
Étant maintenant pratiquement seuls contre tous, Gray et Ishi tenteront le tout pour le tout afin de quitter la planète, même si cela nécessite de travailler avec leur pire ennemi, le général Sarrano.

Portage sur DS par Firebrand Games et sur PSP par Sumo Digital

Suite aux évènements d'Alerte rouge 2, l'Union Soviétique est en déclin devant la supériorité militaire des Alliés. Dans une capitale en proie à la révolte populaire et face au départ précipité du Secrétaire Général, Le colonel russe Anatoliy Cherdenko révèle à son supérieur, le général Krukov, l'existence d'un plan pour faire un bond en arrière dans le temps. Son objectif: assassiner Albert Einstein, supprimant de fait l'incroyable percée technologique des Alliés et restaurant l'ancienne et puissante Union Soviétique dans la foulée. Seulement, la mission ne se déroule pas comme prévu. Une nouvelle dimension spatio-temporelle se créée et un nouvel ordre géopolitique s'établit, altérant le cours de l'évolution technologique et créant un nouvel empire technologiquement très avancé en Extrême Orient : L'empire du Soleil Levant. La Troisième Guerre mondiale débute alors que les troupes d'invasion nippones fondent sur le littoral russe.

New York 2023... Trois ans après les premiers événements survenus au large de la Corée, New York est la cible d'une épidémie mortelle qui frappe la population. Le virus, appelé "Manhattan virus", a été répandu sur la population par des Aliens, les Ceph, afin de masquer leur invasion.
Alcatraz, un Marines, est envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin pour rétablir l'ordre et aider les populations en détresse. A l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Alcatraz s'extirpe du submersible mais toute l'équipe de marines meurt suite à une nouvelle attaque alien.
Pendant son agonie, Alcatraz aperçoit "Prophet", un homme portant une nano-combinaison. Il sauve Alcatraz en se sacrifiant et lui remet sa combinaison contre la promesse de réussir "La Mission"...
Alcatraz doit désormais sauver l'humanité contre l'invasion alien qui a déjà commencé...