Le jeu se passe durant la Seconde Guerre mondiale et donne au joueur le commandement de six commandos alliés, chacun spécialisé dans un domaine : béret vert, sniper, chauffeur, artificier, nageur de combat et espion.

Add-on de Commandos : Derriere Les Lignes Ennemies (ne nécessite pas ce dernier pour fonctionner)

Au commencement, il y avait l'Âge des Anciens, où les dragons ancestraux régnaient sans conteste. Puis vint le Feu, amenant la disparité. Certains, cachés dans les Ténèbres, y découvrirent un nouveau pouvoir et s'élevèrent contre les dragons. Gwen, le Seigneur de la Lumière, accompagné de Nito, le Premier des Morts, ainsi que la Sorcière d'Izalith et ses filles du Chaos, eux-mêmes aidés par la trahison de Seath l'écorché, décimèrent les dragons ancestraux et l'Âge du Feu commença.
Des siècles, puis des millénaires passèrent et, parmi les Dieux salvateurs, les humains s'élevèrent. Leur ancêtre, le Pygmée, lui aussi étant détenteur d'un pouvoir du Feu, les affubla de la Marque Sombre. Les humains se transformèrent petit à petit en Carcasse, état entre la mort et la folie.
C'est dans ce contexte que le joueur incarne un de ces humains. Marqué et emprisonné avec les autres de son état, il s'échappera du refuge et deviendra l'Élu. L'Élu d'une nouvelle ère, d'un nouvel Âge.

Trahi par les forces du mal, Guerre, le premier Cavalier de l'Apocalypse, est accusé d'avoir violé la loi sacrée en provoquant une guerre entre les Cieux et l'Enfer. Dans le carnage qui a suivi, les forces démoniaques ont vaincu les Anges et se sont installées sur Terre. Traîné devant le Conseil Ardent, Guerre est condamné pour ses crimes et ses pouvoirs lui sont retirés. Déshonoré et seul face à sa mort, Guerre reçoit l'opportunité de retourner sur Terre pour rechercher la vérité et punir les responsables.

À l'aube du monde, on donna aux anges le paradis, un empire obscur aux démons, et tout un monde aux hommes. Le Conseil Ardent, entité chargée par le Créateur de préserver l'essence même de l'existence, décréta que l'Univers avait besoin d'ordre et d'harmonie.
Mais l'Équilibre a été rompu, le Cavalier rouge de la Guerre est accusé d'avoir déclenché l'Apocalypse trop tôt, menant à la destruction de la Terre avant son heure. Pour sauver l'honneur de son frère, le second Cavalier, la Mort se mit en route.