Barney Calhoun est un garde de Black Mesa, il est responsable des équipements et du matériel utilisé pour les recherches du secteur "Matériaux Anormaux". Lors de l'accident dans ce secteur (vu dans Half-life), Barney est bloqué dans un ascenseur, accompagné par 2 scientifiques, ces derniers mourants il comprend alors qu'il doit atteindre la surface pour sauver sa peau...

Pendant que le caporal Adrian Shephard et son équipe approchent de la zone d’atterrissage 117 au centre de Black Mesa, son hélicoptère est attaqué par des raies manta de Xen. Après le crash de son appareil, Shephard reprend conscience au milieu d'un rude combat entre les militaires et les aliens.

En 2033, dans un monde qui a été dévasté par une guerre nucléaire. Moscou n'est plus qu'une ville en ruine perpétuellement enneigée, et les rares habitants qui ont réussi à survivre se sont réfugiés dans les dédales du métro. Les restes de l'humanité se sont organisés, en aménageant les stations comme de véritables villes qui commercent entre elles. Mais les survivants ne sont pas en sécurité, des mutations ont transformé une partie de la population en mutants particulièrement violents, qui harcèlent continuellement les convois et les stations. De plus, deux factions ont fait du métro leur terrain d'affrontement : les "rouges" et les fachos, héritiers de l'URSS et du IIIe Reich qui se livrent une guerre sans merci pour la domination des restes de Moscou.