New York 2023... Trois ans après les premiers événements survenus au large de la Corée, New York est la cible d'une épidémie mortelle qui frappe la population. Le virus, appelé "Manhattan virus", a été répandu sur la population par des Aliens, les Ceph, afin de masquer leur invasion.
Alcatraz, un Marines, est envoyé sur les côtes de New York par un sous-marin pour rétablir l'ordre et aider les populations en détresse. A l'approche du rivage, le sous-marin est frappé par une force mystérieuse et commence à couler. Alcatraz s'extirpe du submersible mais toute l'équipe de marines meurt suite à une nouvelle attaque alien.
Pendant son agonie, Alcatraz aperçoit "Prophet", un homme portant une nano-combinaison. Il sauve Alcatraz en se sacrifiant et lui remet sa combinaison contre la promesse de réussir "La Mission"...
Alcatraz doit désormais sauver l'humanité contre l'invasion alien qui a déjà commencé...

Suite de Crysis

Adam Jensen, ancien agent du SWAT, s'est reconverti dans la sécurité privée suite à l'échec d'une mission qui a abouti à un massacre. Il travaille alors comme chef de la sécurité pour Sarif Industries, l'un des leaders en biotechnologies, et principalement, en augmentations mécaniques. Lors d'une attaque par des mercenaires sur le siège social, il est blessé quasi mortellement, et son amante, scientifique de génie du groupe, Megan Reed est tuée. Pour le sauver, Sarif va devoir lui implanter des augmentations, afin de remplacer ses bras, ses jambes, et une grosse partie de sa cage thoracique. Ils en profitent aussi pour lui rajouter des implants neuraux et optiques. Six mois plus tard, Jensen est de nouveau sur pied, alors qu'une prise d'otages dans une des usines du groupe le force à se remettre de suite en action. Commence alors une enquête à travers le monde pour découvrir les gens qui tirent les ficelles, et venger Megan.