Le joueur incarne un hacker de l'an 2010, et travaillant pour une mystérieuse société : Uplink Corporation. Son métier est d'attaquer des multinationales ; il y gagne de l'argent, des logiciels, du matériel en travaillant pour divers clients. Mais un jour, le joueur reçoit un courrier d'un agent Uplink décédé travaillant pour Andromeda Research Corporation (ARC)...