Jack est seul rescapé à bord d'un avion qui s'abîme en mer à la suite d'un crash dans l'Océan Atlantique. Manquant de se noyer, Jack nage jusqu'à un proche îlot surmonté d'un phare à l'intérieur duquel il découvre une bathysphère. Il s'y engouffre et s'enfonce dans les profondeurs de l'océan pour découvrir Rapture. Les faits se déroulent en 1960, après l'effondrement du modèle de société fondé à Rapture, ville utopique fondée par Andrew Ryan, où la science n'est pas soumise aux règles éthiques et les artistes aux censeurs.