Maxwell Smart travaille comme analyste dans une agence de renseignement ultrasecrète, CONTROL. Rêvant de travailler comme agent de terrain, il voit sa candidature refusée, sous prétexte qu'il fournit un travail administratif trop efficace. Mais lorsque le quartier général de son agence est attaqué, son supérieur n'a d'autre choix que de le promouvoir en lui assignant comme partenaire la charmante mais redoutable Agent 99. Ensemble, ils vont devoir contrecarrer les projets de l'organisation terroriste KAOS dont le leader, Siegfried, prévoit un attentat nucléaire contre les États-Unis.