2977. Albator , capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l'espace. Il est condamné à mort , mais reste insaisissable.
Le jeune YAMA, envoyé pour l'assassiner, s'infiltre dans l'Arcadia, alors qu'Albator décide d'entrer en guerre contre la Coalition GAIA afin de défendre sa planète d'origine, la Terre.